درجه عالی اعتبار بخشی بالاترین سطح کیفی است که از سوی وزارت بهداشت بر مبنای ارزیابی ۱۹ محور بالینی، پاراکلینیکی و مدیریتی به مراکز درمانی اعطا می شود که بیمارستان بقیه الله(عج) طی پنج دوره ارزیابی صورت گرفته از سال ۱۳۸۸ تاکنون مفتخر به حفظ این درجه در 14 سال متوالی می باشد. شایان ذکر است که اعتباربخشی ملی فرآیندی منظم و هدفمند جهت پیاده سازی استانداردها در حوزه های درمانی و غیر درمانی است که هر دو سال یکبار مورد پایش قرار گرفته و گواهی درجه بیمارستان برای مدت دوسال صادر می گردد.